Địa bàn xã Khánh Vĩnh Yên hiện nay trước đây vốn là ba xã: Khánh Lộc, Vĩnh Lộc, Yên Lộc.

Trước khi sáp nhập, xã Khánh Lộc có diện tích 6,43 km², dân số là 3.790 người, mật độ dân số đạt 589 người/km². Xã Vĩnh Lộc có diện tích 6,33 km², dân số là 2.866 người, mật độ dân số đạt 453 người/km² (Cũng trong năm 2019 Theo Điều 1 Thông tư 14/2018/TT-BNV Thôn Kiều Mộc đổi tên mới là Hồng Phong). Xã Yên Lộc có diện tích 5,87 km², dân số là 3.588 người, mật độ dân số đạt 611 người/km², có 6 xóm: Yên Sơn, Phong Sơn, Đình Sơn, Tràng Sơn, Thạch Ngọc, Đông Lĩnh.

Ngày 21 tháng 11 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 819/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Hà Tĩnh (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của ba xã: Khánh Lộc, Vĩnh Lộc và Yên Lộc thành xã Khánh Vĩnh Yên.